Muséum d'Histoire Naturelle

Dans les murs de la citadelle, le Museum d'Histoire naturelle réunit un parc zoologique, un insectarium, un aquarium, un noctarium, une petite ferme et un parcours de l'évolution. Des visites idéales pour les enfants qui peuvent ainsi approcher les animaux de très près.

Deux espèces menacées de fauves vivent (et se reproduisent) dans le parc zoologique : les lions d'Asie et les tigres de Sibérie. Ils sont accompagnées par une vingtaine d'espèces de primates et une trentaine d'oiseaux exotiques.
La petite ferme est quant à elle réservée aux animaux franc-comtois, avec des poules, des canards, des moutons... Le public peut se promener au milieu des animaux, à la grande joie des plus petits.
L'aquarium fait lui aussi la part belle aux espèces de la région. Il est complété par une ferme aquacole où sont notamment élevées des écrevisses "pied rouge".
L'insectarium de la citadelle est le plus grand de France, avec près de 85% des espèces mondiales. Scarabées, araignées, scorpions, cigales, papillons s'y côtoient dans leur environnement reconstitué.
L'aquarium enfin inverse les heures, et plonge le visiteur dans l'obscurité : c'est en effet la nuit que vivent les rongeurs. On pourra donc surprendre l'activité des souris, musaraignes, rats et autres rongeurs, et observer les nouveaux-nés dans un "espace maternité".

Le parcours de l'Evolution présente quant à lui l'évolution du monde animal, avec de nombreux animaux naturalisés, des plus anciens (les lamproies ou les requins) aux plus évolués tels que les singes.

Ces différents parcours sont complétés par un climatorium qui permet de découvrir l'évolution du climat et ses conséquences.